Wkrótce rozpoczęto jej przebudowę. Ona również nie zaspokajała jednak potrzeb mieszkańców, dlatego w 1330 r. katedrę rozebrano. Miejsce pod budowę nowej, mającej być siedzibą zwierzchnika kapituły i członków jego duchownego grona, wyznaczył biskup sambijski Jan. Była to północno-wschodnia część wyspy Vogtswerder (później Kneiphof, obecnie Wyspa Kanta), przyłączona do posiadłości biskupa w 1322 r. Prace rozpoczęto w 1325 r. od budowy prezbiterium.
Mury prezbiterium były, jak na budowlę sakralną, niezwykle grube i mocne. Gdy zaś budowę prezbiterium zwieńczono gankiem obronnym, zwierzchnik zakonu zabronił biskupowi kontynuowania prac, by ten zamiast katedry nie wzniósł twierdzy.
Po pewnym czasie wielki mistrz i zakon z jednej strony oraz biskup i kapituła z drugiej zawarli porozumienie, na mocy którego duchowni zobowiązali się budować katedrę bez umocnień. Dłuższe boki prezbiterium otrzymały więc już mury i przypory o lżejszej konstrukcji. Mimo to mur południowy do wysokości 2,75 m wzniesiono z wyjątkowo masywnego muru ceglanego na fundamencie z kamienia polnego, z gankiem obronnym i strzelnicami tuż pod dachem.
Do ganku obronnego prowadziły przez prezbiterium schody w narożniku północno-wschodnim (za grobem Immanuela Kanta). W narożnikach katedry zaplanowano wieże, z których zachowała się jedynie południowo-wschodnia.
W 1333 r. po zachodniej stronie katedry stanęły wieże (powyżej otynkowanego pasa): południowa z dwunastobocznym zwieńczeniem, a po stronie północnej prosty szczyt. Masywną fasadę zachodnią rozczłonkowuje mnóstwo blend, których wysokość maleje ku górze. W wąskim szczycie środkowym dwie długie lizeny sięgające samej góry nadają mu wrażenie lekkości. Po obu stronach głównego portalu zachodniego znajdują się blendy.
Niemal równocześnie z wieżami wzniesiono korpus nawowy. W 1344 r. został on przykryty dachem, lecz ukończono go w pełni dopiero w 1351 r.
Pierwotnie korpus nawowy miał płaski strop, co wyglądało znacznie skromniej niż sklepienie prezbiterium. Za wielkiego mistrza Winrycha von Kniprode rozpoczęto przebudowę wnętrza katedry (1351–1358) na układ trójnawowy z wyższą nawą główną.
Przebudowę zakończono nie później niż w 1382 r. Mury naw bocznych podwyższono, okna wydłużono, a nad rzędem blend po stronie północnej pojawił się drugi. Blendy po stronie południowej wydłużono. W latach 1370–1400 wnętrze katedry pokryto malowidłami. Rok 1380 uważa się za datę oficjalnego zakończenia budowy katedry. Jej patronami zostali św. Maria i św. Wojciech.
W 1440 r. drewniane stropy zastąpiono murowanymi sklepieniami. Sklepienia nawy głównej wykonano na wzór sklepień prezbiterium, w nawach bocznych zaś utworzono je z trójkątnych pól. Wschodnie okna naw bocznych przebito w XVI wieku.
Wieżyczkę na kalenicy dachu katedry ustawiono w 1568 r.
Początkowo katedrę oddzielał od miasta Kneiphof mur. Obok katedry wzniesiono dwór biskupi, a od strony północnej szkołę i szpital.
W przededniu reformacji, 27 września 1523 r., Johann Briesmann wygłosił w katedrze pierwsze kazanie ewangelickie. 25 grudnia 1523 r. kazanie w języku niemieckim wygłosił Georg von Polentz, pierwszy biskup katolicki, który przyjął protestantyzm. W 1528 r. katedra stała się kościołem parafialnym dla mieszkańców Kneiphofu. W 1544 r. w wieży katedry wybuchł pożar. Od 1560 r. katedra służyła także jako kościół uniwersytecki.
W 1640 r. zamontowano zegar wieżowy, a w 1695 r. organy o sześćdziesięciu głosach. Organy te stały się wspaniałą ozdobą katedry. W latach 1718–1721 zainstalowano drugi instrument, o pięćdziesięciu sześciu głosach, dzieło mistrza Johanna Josuy Mosengela. W 1809 r. przeprowadzono w katedrze restaurację.
W 1832 r., z okazji 500-lecia katedry, odsłonięto (zamalowane wcześniej) XIV-wieczne malowidła ścienne. Najlepiej zachowało się wśród nich przedstawienie trzech rycerzy w pełnym rynsztunku z opuszczonymi przyłbicami na południowej ścianie południowo-wschodniej nawy bocznej.
W 1844 r. Otto Nicolai dyrygował w katedrze orkiestrą wykonującą uroczystą uwerturę „Warownym grodem jest nasz Bóg”.
W latach 1901–1907 przeprowadzono kolejną restaurację. Mury katedry oczyszczono z tynku i przywrócono im pierwotny wygląd. Dawna posadzka wieży leżała wówczas o 1,67 m niżej niż posadzka z XX wieku.
Ołtarz katedry pochodził z początku XVI wieku. W 1591 r. boczne i górne części ołtarza namalował królewiecki malarz Anton Möller. Balustradę ołtarza również wykonano w 1591 r.
Ambonę wykonano z wapienia i w 1589 r. umieszczono przy trzecim od ołtarza filarze (oddzielającym nawę północną od głównej). Wejście na ambonę zamykały piękne kute drzwi, wykonane w 1590 r.
Organy, zajmujące całą szerokość nawy głównej, były wspaniale zdobione.
Biblioteka Wallenrodtów mieściła się w zachodniej części katedry, na wyższych kondygnacjach, w dwóch pomieszczeniach: w środkowej części budowli i w wieży południowej.
Epitafium Elżbiety Brandenburg-Küstrin za ołtarzem.
Od 1673 r. biblioteka była udostępniona zwiedzającym. Od 1721 r. stanowiła własność Wallenrodtów pod opieką państwa, a w 1909 r. włączono ją do zbiorów Biblioteki Państwowej i Uniwersyteckiej. Do słynnej biblioteki prowadziły specjalne, wzniesione w XVI wieku kręcone schody w północno-wschodnim narożniku centralnej kruchty, u których podstawy znajdowały się smukłe kolumny i arkady.
Początkowo na potrzeby biblioteki wykorzystywano jedynie pomieszczenie nad głównym wejściem do katedry, z XIV-wiecznymi sklepieniami. W latach 1688–1689 dołączono sąsiednią, położoną nieco wyżej salę w wieży południowej, ze sklepieniem krzyżowym. W bibliotece przechowywano cenne księgi, zwłaszcza teologiczne, rękopisy i materiały genealogiczne.
W nocy z 27 na 28 sierpnia 1944 r., podczas nalotu lotnictwa brytyjskiego, katedra została poważnie uszkodzona, a jej wnętrze doszczętnie spłonęło. Sklepienia częściowo się zawaliły. Spłonęły lub zostały rozbite liczne epitafia oraz kamienna ambona. Zniszczeniu uległy wspaniały ołtarz główny i kaplica chrzcielna.
W płomieniach przepadły chorągwie, portrety wielkich mistrzów i drewniane wizerunki wielkiego mistrza Lutra z Brunszwiku. Cudem ocalał przy ołtarzu wschodnim nagrobek księcia Albrechta dłuta Cornelisa Florisa. Nienaruszone pozostały piękne popiersie księżnej Doroty i nagrobek ścienny kanclerza Johanna von Kospotha. Przetrwało pomieszczenie Biblioteki Wallenrodtów ze wszystkimi foliałami, globusem, zapiskami z podróży kanclerza i rzeźbionymi drewnianymi regałami. Już w kwietniu 1945 r., podczas szturmu wojsk radzieckich na Królewiec, doświadczona przez los katedra uległa dalszym zniszczeniom, nie została jednak całkowicie unicestwiona. W niezłym stanie zachował się grób Immanuela Kanta.
W okresie powojennym katedra nadal popadała w ruinę i do 1964 r. jej stan techniczny stał się skrajnie zły, miejscami wręcz grożący zawaleniem. W 1970 r. oficjalne władze otworzyły krypty katedry w rejonie prezbiterium.
W podziemiach otwarto grobowce, a szczątki pochowanych częściowo wyrzucono na zewnątrz. Czym zakończyły się te „poszukiwania” i co tam odnaleziono, do dziś nigdzie nie podano do publicznej wiadomości.
I wreszcie w 1982 r. przeprowadzono na katedrę jeszcze jeden „nalot” – tak zwaną „konserwację”. Główny cios spadł na część ołtarzową, niemal całkowicie zniszczono resztki nagrobka Albrechta i ocalałych epitafiów.
Następnie, po 1985 r., rozpoczął się nowy etap w dziejach katedry, który przejawił się w powszechnej miłości władz i społeczeństwa do tej świątyni. Powstało stowarzyszenie „Katedra”, a w ślad za nim pojawiły się inne podobne organizacje. Ich członkowie postanowili uprzątnąć wnętrze katedry. Ta epopeja trwała ponad tydzień, a w rezultacie wraz ze śmieciami wywieziono resztki bardzo ważnych detali architektonicznych świątyni. Z katedry pozostało oszpecone, „zakonserwowane” pudło budynku.
Kolejny etap nastąpił po utworzeniu tak zwanej „państwowej” firmy „Katedra”, która przystąpiła do prac przy katedrze bez spójnej koncepcji, bez projektu i przy całkowitym braku specjalistów.
Jakość prowadzonych prac była taka, jakiej można się było spodziewać... Wydano ogromne pieniądze! Wszelkie próby dowiedzenia się od specjalistów, jaki rodzaj prac (konserwacja, remont czy restauracja) jest prowadzony przy katedrze, wprawiały ich w zakłopotanie.
Od tamtej pory upłynęło wiele wody. Zapewne katedrę należało odbudowywać inaczej... Ale co się stało, to się nie odstanie. Większość mieszkańców i turystów, podziwiając dawną świątynię na Wyspie Kanta (tak nazywa się dziś Knipawa), nie zastanawia się nad zawiłościami sztuki konserwatorskiej i chętnie odwiedza mieszczące się w niej muzeum, kaplice prawosławną i katolicką oraz salę koncertową.
Przetłumaczono z języka rosyjskiego przy pomocy AI (Claude, Anthropic), październik 2026 r.
